海辺の村の誰も住んでいない“湿(しめ)っ地(ち)屋敷”。12歳の杏奈(あんな)はそこで、青い窓に閉じ込められた金髪の少女マーニーと出会う。小さな身体に大きな苦しみを抱えて生きる杏奈。その杏奈の前に現れる謎の少女マーニー。ひと夏の出会いの中で、二人が…